En el año 2000, se estableció el 11 de mayo como el Día de los Parques y Reservas Naturales Bonaerenses en conmemoración al primer parque provincial fundado en la provincia de Buenos Aires, que fue el de Ernesto Torquinst.
En la Cuenca Matanza Riachuelo, se ubican varias Reservas Naturales que protegen diferentes ecosistemas como los humedales, bosques y pastizales. Estas áreas actúan como refugios para la biodiversidad y le brindan alimento y hábitat, además de prestar importantes servicios ambientales para la sociedad. En el caso de los humedales, atenúan los efectos frente a las inundaciones.
Para contribuir en la protección de las reservas, ACUMAR lleva adelante acciones concretas en diferentes disciplinas: monitoreos de agua y biodiversidad, actividades de educación ambiental, intervención en los ámbitos de participación. Se llevan adelante también mesas interjurisdiccionales con los distintos actores oficiales involucrados para ejecutar políticas y acciones coordinadas para agilizar las gestiones vinculadas a estos espacios.
Con el fin de ampliar el estudio y conocimiento sobre estas áreas, ACUMAR firmó un convenio con el CONICET para desarrollar un inventario de humedales.
En el marco de la problemáticas que atraviesan a la Cuenca, ACUMAR considera prioritaria la protección de las reservas y los parques nacionales y espera conformar en un mediano plazo un sistema de áreas verdes de la Cuenca Matanza Riachuelo.
Las Reservas Naturales ubicadas en el territorio de la Cuenca son: La Saladita de Avellaneda, Santa Catalina de Lomas de Zamora (una municipal y otra provincial), Laguna de Rocha de Esteban Echeverría, Bosques de Ciudad Evita de La Matanza, Reserva Natural Urbana de Morón, Lagunas de San Vicente, Reserva Arroyo El Durazno de Marcos Paz, Reserva Paleontológica de Marcos Paz y Reserva Natural Guardia del Juncal de Cañuelas. En la Ciudad de Buenos Aires se encuentran la Reserva Costanera Sur y Lago lugano.
